O ile leczenie kanałowe jest uznawany za wielce precyzyjnym zabiegiem, a stomatolog endodonta, który przeprowadza leczenie kanałowe, używa mikroskopu, bywa tak, że ciężko jest dostać się do każdego z rozwidleń kanału zębowego. W takiej sytuacji konieczna jest chirurgiczna resekcja zęba. Taki zabieg polega na dotarciu do niezauważonej części kanału zębowego, gdzie znajduje się infekcja. By dotrzeć do kości stomatolog nacina tkankę śluzówki. Tylko tak może dobrze zobaczyć ząb i wyjąć objęte chorobą fragmenty. W momencie, kiedy kanał jest już dobrze oczyszczony wypełnia go przeznaczonym do tego cementem.
Podobnie jak w przypadku leczenia kanałowego, współcześnie w gabinetach dentystycznych, chirurg dentysta przeprowadza resekcję zęba pod mikroskopem. To sprawia, że każdy zabieg jest bardzo precyzyjny i umożliwia dentyście dojść do wszelkich rozwidleń kanału zębowego. Zwykle już po kilku dniach od chwili zabiegu, stomatolog może zdjąć pacjentowi szwy. To, czy leczenie przebiegło poprawnie, można zbadać, po upływie kilku tygodni, czego głównym sygnałem będzie brak dolegliwości bólowych.
Z reguły resekcja zęba niezbędna jest, kiedy stomatolog nie może dojść do zęba. Na przykład z uwagi na budowę kanału. Zdarza się, że dookoła zmienionej tkanki pojawia się ropień lub torbiel . W takim wypadku nie ma możliwości dotarcia do zęba poprzez zabieg endodontyczny. Chirurg stomatolog doradzi co okaże się najlepsze.